Tablas y CSS
Cuando comenzamos un proyecto web debemos plantearnos una serie de cuestiones de qué metodología usar, tablas, css, tablas y css, capas y css...
Yo siempre he usado y recomendado usar tablas + css, aunque también hay mucha gente que opina que debemos usar capas y css para una mejor presentación y menor cantidad de código.

En parte tienen razón, hay que usar css para cosas que vayan a llevar el mismo aspecto como pueden ser los menús de la izq, los menús de la zona superior, el texto de los artículos, el formato de los links, etc. Para esto yo recomiendo usar css en dónde pongas el tipo de fuente, el tamaño, color, fondo, etc... y el atributo hover si queremos que tenga algún efecto cuando el ratón esté por encima, pero nada más, la posición se la daremos con las tablas.

Si en alguna parte de la web necesitas algo especial para eso está el atributo "style" dónde podremos darle los estilos que queramos un ejemplo para separar en un TD el texto del borde sería <td style="padding-left:3px;padding-right:3px;padding-top:3px;">.
  
Estructura y código ordenado
Esto igual no es muy importante para los buscadores pero sí para cualquier programador que vaya a desarrollar un proyecto complejo.
Un código ordenado e identado es esencial para luego manejarte bien por los archivos, lo mismo que un código bien comentado, sobretodo cuando es algo de programación en el lado del servidor dónde realizas complejas funciones que luego aún habiéndolas escrito tú no sabes por dónde cojerlas.

Esto también implica una buena estructura de los directorios y archivos y aquí si que es importante esforzarse un poco para hacerlo lo mejor para ti y para el buscador, ya que si no te lo planteas bien arrastrarás esos errores por los tiempos de los tiempos.
Si tienes secciones en tu web es recomendable crear carpetas para cada sección (mucho mejor subdominios) y si el diseño de la web no va cambiar de una a otra es bueno tener sólo unos determinados archivos para las zonas iguales. Por ejemplo si tenemos una típica web con unas zonas iguales como son la zona superior, la zona izquierda, la zona central (donde está el contenido de cada página), la zona derecha y la zona inferior, es bueno usar includes y llamar al mismo archivo desde todas las páginas de tu site. Con esto conseguirás que cuando tengas que cambiar algo no tardes una eternidad haciéndolo archivo a archivo o carpeta a carpeta.
  
Uso de H1 y negrita
En el posicionamiento es importante usar tags <h1> y <b> para que los buscadores asignen un tema a tu web, deberás poner los títulos de las páginas con <h?> según te quede bien, el uso de las negritas también le puede ayudar a la asignación de un tema y sobretodo la densidad de palabras.
   
METAS Title, Description, Keywords, CONTENT
El uso de metas únicos para cada página es muy aconsejable, por varias razones. Una de ellas para que los buscadores no tomen dos páginas como contenido duplicado cuando tienen muy poco texto o fotografías. Las dos cabeceras más importantes son el Title que sí influye directamente a la hora del posicionamiento y la descripción que también influye aunque menos en el posicionamiento.
  Orto muy importante es el del idioma <meta http-equiv="Content-Language" content="es"> para el caso de que sea en español.
  
Localizador
Le llammo localizador a esa parate de la web que te da la posibilidad de saber dónde estás en cada momento cuando navegas por ella. Si estás dentro de una sección y puedes pasar a todas las secciones por encima de la tuya. Esto mejora mucho tu linkeo interno algo bastante importante a la hora de posicionarte por palabras derivadas o simétricas (no sinónimas sino que son frecuentes verlas juntas) a tus palabras clave.